Você pode me dizer qual tema seu site está usando atualmente? Pode haver uma incompatibilidade de tema/WPFTS (e isso é fácil de corrigir).
Além disso, para indexar arquivos do WPDM você precisa instalar um complemento simples
https://wordpress.org/plugins/wpfts-add-on-for-wp-download-manager/ (não se preocupe se não for atualizado há algum tempo - iremos atualizá-lo em breve).
Isso permitirá que o WPFTS veja os arquivos adicionados ao WPDM.
Peço também que você compartilhe um link para o seu site - isso agilizará a busca por uma solução.
Obrigado!